Die nicht mehr für Forschungsaktivitäten im ehemaligen Forschungszentrum Karlsruhe benötigten Bauabschnitte der „Heißen Zellen“ wurden Ende 2009 an die Wiederaufarbeitungsanlage Karlsruhe Rückbau- und Entsorgungs-GmbH (jetzt Kerntechnische Entsorgung Karlsruhe) übergeben. Am Standort des ehemaligen Forschungszentrums Karlsruhe (jetzt dem Karlsruher Institut für Technologie) sollen alle kerntechnischen Rückbaumaßnahmen von der Kerntechnischen Entsorgung Karlsruhe durchgeführt werden. Die Genehmigung für den Rückbau der Bauabschnitte eins und zwei der „Heißen Zellen“ wurde am 21. Dezember 2009 erteilt. In Bauabschnitt drei befindet sich das Fusionsmateriallabor des Karlsruher Instituts für Technologie noch in Betrieb.
Für den Umgang mit radioaktiven Stoffen in den „Heißen Zellen“ besitzt die Kerntechnische Entsorgung Karlsruhe eine Genehmigung nach Paragraf 9 Atomgesetz. Das Ministerium für Umwelt, Klima und Energiewirtschaft ist die zuständige atomrechtliche Genehmigungs- und Aufsichtsbehörde.
