Bei international und europarechtlich geschützten Arten sind insbesondere die Bestimmungen des Washingtoner Artenschutzübereinkommens und der Europäischen Union zu beachten. Der Vollzug des Artenschutzrechts, der die Haltung oder den Handel mit geschützten Tieren oder Pflanzen betrifft, wird maßgeblich vom Washingtoner Artenschutzübereinkommens und der EG-Artenschutzverordnung bestimmt. Ansprechpartner für die zu erfüllenden Anzeige- und Meldepflichten sowie Genehmigungen sind in erster Linie die Höheren Naturschutzbehörden (Referate 55) bei den Regierungspräsidien.
Spezielle artenschutzrechtliche Prüfung
Um die Einhaltung der Artenschutz-Bestimmungen zu gewährleisten, muss im Rahmen der Eingriffsregelung (Paragraf 14 bis 17 Bundesnaturschutzgesetz) geprüft werden, ob durch das Vorhaben geschützte Tiere oder Pflanzen geschädigt werden. Für europäische Vogelarten und Arten des Anhangs IV der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie ist bei Vorhaben und Planungen eine „spezielle artenschutzrechtliche Prüfung” (saP) vorzunehmen, mit der geklärt wird, ob das Vorhaben gegen die Zugriffsverbote (Paragraf 44 Absatz 1 in Verbindung mit Absatz 5 Bundesnaturschutzgesetz) verstößt.
Vorgezogene Ausgleichsmaßnahmen
Bei zulässigen Eingriffen nach der Eingriffsregelung (Paragraf 15 Bundesnaturschutzgesetz) oder im Bereich von Bebauungsplänen liegt ein Verstoß gegen die Zugriffsverbote nicht vor, wenn Beeinträchtigungen der Arten so weit als möglich vermieden werden und die ökologische Funktion der vom Vorhaben betroffenen Fortpflanzungsstätten und Ruhestätten weiterhin erfüllt sind. Gegebenenfalls können vorgezogene Ausgleichsmaßnahmen (sogenannte CEF-Maßnahmen (measures that ensure the continued ecological functionality)) durchgeführt werden, um die Lebensstätte für die betroffene Population in Qualität und Quantität zu erhalten. Beispiele für vorgezogene Ausgleichsmaßnahmen sind zum Beispiel die Umsiedlung von Populationen oder das Anbringen von Nistkästen.
In bestimmten Fällen (Paragraf 45 Absatz 7 Bundesnaturschutzgesetz) können im Einzelfall unter bestimmten Voraussetzungen Ausnahmen von den Verboten des Paragrafen 44 Bundesnaturschutzgesetz erteilt werden.