Die Naturschutzverwaltung Baden-Württemberg besteht aus drei Verwaltungsebenen: Das Ministerium für Umwelt, Klima und Energiewirtschaft ist die oberste Naturschutzbehörde.
Dem Ministerium für Umwelt, Klima und Energiewirtschaft obliegen als oberster Naturschutzbehörde in Baden-Württemberg Lenkungs- und Steuerungsaufgaben für die gesamte Naturschutzverwaltung.
Neben der Fachaufsicht über die Naturschutzreferate bei der Landesanstalt für Umwelt Baden-Württemberg als beratender Institution sowie über die Naturschutzreferate bei den vier Regierungspräsidien konzentriert sich dies vor allem auf die Gesetzgebung sowie allgemeine Auswirkungen zum Vollzug des Naturschutzgesetzes.
Die oberste Naturschutzbehörde trägt darüber hinaus die Verantwortung über die veranschlagten Haushaltsmittel. Diese werden beispielsweise für den Vertragsnaturschutz ebenso eingesetzt wie für die Neuschaffung von Biotopen auf der Grundlage der Landschaftspflegerichtlinie. Zuständig ist das Ministerium als oberste Naturschutzbehörde darüber hinaus für die Umsetzung von NATURA 2000, dem Schutzgebietsnetz der Europäischen Union.
Die Landesanstalt für Umwelt Baden-Württemberg ist in erster Linie die fachlich beratende Stelle des Ministeriums.
Neben der Politikberatung gehören dazu vor allem die Erarbeitung von Konzepten und Maßnahmenkatalogen zum Schutz unserer heimischen Tier- und Pflanzenarten und deren Lebensräume. Hierzu initiiert und erstellt die Landesanstalt für Umwelt notwendige wissenschaftliche Grundlagen und Programme und stellt die Ergebnisse der Öffentlichkeit zur Verfügung.
Federführend ist die Landesanstalt für Umwelt insbesondere im Bereich der Umsetzung der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie und der Vogelschutzrichtlinie für die Schaffung des europaweiten Naturschutzgebietsnetzes NATURA 2000, mit dem die Europäische Union ihr Naturerbe sichern will.
Konzeptionell tätig ist die Landesanstalt darüber hinaus im Bereich der Landschaftsplanung und der Eingriffsregelung, das heißt sie erarbeitet modellhafte Planungen als Handreichung für die berufliche Praxis.
Die vier Regierungspräsidien – Stuttgart, Karlsruhe, Freiburg und Tübingen – sind als höhere Naturschutzbehörden tätig. Zu ihren Aufgaben gehören zahlreiche rechtliche wie auch fachlichen Verfahren wie beispielsweise die Planung, Ausweisung und Betreuung von Naturschutzgebieten, die Pflege von Flächen mit Vorkommen von seltenen und gefährdeten Lebensräumen und Arten.
Darüber hinaus erarbeiten sie die Managementpläne der Natura 2000-Gebiete. Sie vertreten die Naturschutzbelange bei der Landes- und Regionalplanung. Außerdem sind sie an allen Genehmigungen für Großvorhaben in der freien Landschaft beteiligt, um einen Ausgleich für den damit verbunden Eingriff in den Naturhaushalt sicher zu stellen. Mit dem Ökomobil informieren die Regierungspräsidien mit Ausstellungen, Führungen und Publikationen über die Natur.
Untere Naturschutzbehörden sind die 35 Landratsämter, die Bürgermeisterämter der neun Stadtkreise in Baden-Württemberg und – allerdings mit eingeschränkter Zuständigkeit – die Großen Kreisstädte und die nach Paragraf 17 Landesverwaltungsgesetz anerkannten vereinbarten Verwaltungsgemeinschaften.
Aufgabe der unteren Naturschutzbehörde ist beispielsweise die Ausweisung von Landschaftsschutzgebieten oder der Schutz der nach Naturschutzgesetz besonders geschützten Biotope. Ein weiterer Schwerpunkt ist die Erteilung naturschutzrechtlicher Genehmigungen wie diese beispielsweise für den Abbau und die Gewinnung von Kies oder Sand erforderlich sind. Außerdem sind sie an allen Genehmigungen für Bauten und Projekte in der freien Landschaft beteiligt, um einen Ausgleich für den damit verbunden Eingriff in den Naturhaushalt zu formulieren.
Die Zuständigkeit der Großen Kreisstädte und vereinbarten Verwaltungsgemeinschaften beschränkt sich im Wesentlichen auf die Zulassung und den Widerruf von Werbeanlagen in der freien Landschaft und die Ausweisung von Naturdenkmalen.
Die Naturschutzbeauftragten sind ehrenamtliche Kenner von Natur und Landschaft, die in den Stadt- und Landkreisen jeweils auf fünf Jahre bestellt werden, um der unteren Naturschutzbehörde mit ihrem Rat zur Seite zu stehen. Sie beraten und unterstützen die unteren Naturschutzbehörden insbesondere bei der Beurteilung von Vorhaben und Planungen, die mit Eingriffen in Natur und Landschaft verbunden sind.
Darüber hinaus erarbeiten sie Stellungnahmen zu den Fachplanungen anderer Verwaltungen und werden bei allen Vorhaben angehört, bei denen die Belange von Natur und Landschaft in den Stadt- und Landkreisen berührt sind. Im Einzelfall kann der Naturschutzbeauftragte dafür sorgen, dass eine Entscheidung durch die nächsthöhere Naturschutzbehörde geprüft wird.