Böden können von Natur aus, durch Eintrag von Stoffen oder über Wasser oder Luft, erhöhte Schadstoffgehalte aufweisen. Um mögliche Gefährdungen für Menschen und Umwelt erkennen zu können, müssen solche Bodenareale zunächst beprobt und abgegrenzt werden.
Die Bundes-Bodenschutz- und Altlastenverordnung (BBodSchV) gibt für die Gehalte bestimmter organischer und an organischer Schadstoffe ein gestaffeltes System von Schwellenwerten vor, nach denen die ermittelten Schadstoffgehalte zu bewerten sind: Vorsorgewerte, Prüfwerte, Maßnahmenwerte. Beim Überschreiten eines Wertes besteht je nach Art der Schwelle ein definierter Handlungsbedarf.
In manchen Teilen des Landes, insbesondere im Mittleren und im Südlichen Schwarzwald, haben der historische Erzbergbau, der zum Teil bis in die Römerzeit zurückreicht, und die Aufbereitung der geförderten Erze zu einer bleibenden Hinterlassenschaft geführt. Nicht nur die Böden in den ehemaligen Bergbaugebieten sind mit Schwermetallen belastet. Bäche und Flüsse, die zudem über die Jahrhunderte weitgefächert ihren Lauf geändert haben, haben schwermetallhaltige Sedimente in die Fläche getragen.
Bei besonders sensiblen Bodennutzungen wie Kinderspielplätzen wird belastetes Bodenmaterial ausgetauscht. Im Gartenbau und in der Landwirtschaft werden Anbauempfehlungen für geeignete Nahrungs- und Futterpflanzen gegeben.
Auch Klärschlämme, Bioabfälle oder andere auf Böden aufgebrachte Abfälle tragen zur Schadstoff- und Mikroplastikbelastung der Böden bei. Weil Klärschlamm einen Mix aus Chemikalien enthält, deren Wirkungen im System zwischen Boden, Pflanzen, Wasser und Mensch noch weitgehend unbekannt sind, wurde in Baden-Württemberg seine Verwertung in der Landwirtschaft seit 2007 drastisch zurückgeführt.