Die national und international abgestimmten Bewirtschaftungspläne des ersten Zyklus wurden bis Ende 2015 aktualisiert. Sie enthalten die Maßnahmenprogramme, mit deren Hilfe die EU den nach ökologischen Kriterien definierten guten ökologischen und chemischen Zustand der Oberflächengewässer und den guten mengenmäßigen und chemischen Zustand des Grundwassers erreichen will. Bei erheblich veränderten oder künstlichen Wasserkörpern soll anstatt des guten ökologischen Zustands das gute ökologische Potenzial erzielt werden.
Die Maßnahmenprogramme wurden unter intensiver Beteiligung der Öffentlichkeit aufgestellt und sind bis 2018 umzusetzen. Im Teilprogramm „Hydromorphologie“ sollen die Maßnahmen dazu beitragen, die Durchgängigkeit der Gewässer wiederherzustellen, die Struktur zu verbessern und eine ausreichende Mindestwasserführung zu gewährleisten. Darüber hinaus soll die Gewässerstruktur aufgewertet werden. Außerdem sollen die Nährstoffeinträge aus der Abwasserbehandlung und aus der Landwirtschaft in unsere Grund- und Oberflächengewässer reduziert werden.
Derzeit setzt das Land Baden-Württemberg die Maßnahmenprogramme um. Über den Stand der umgesetzten Maßnahmen in bzw. an den Gewässern informiert ein Zwischenbericht, der momentan entsteht. Außerdem wird derzeit ein vorläufiges Maßnahmenprogramm im Sinne des Paragraf 7 Absatz 3 Oberflächengewässerverordnung erarbeitet – bezogen auf 12 neu geregelte prioritäre (= gefährliche) Stoffe.